- Prof. Luzia Gonçalves – Instituto de Higiene e Medicina Tropical – UNL
- FCUL (DEIO) – Campo Grande – Bloco C/6 – Piso 4 – Sala 6.4.30 -14:30
- Quarta-feira, 11 de Maio de 2005
Neste trabalho abordam-se alguns aspectos ligados à construção de mapas físicos de cromossomas lineares e circulares. Um mapa físico de um cromossoma (ou parte deste) pode resultar da ordenação de fragmentos de DNA obtidos por acção de diversas enzimas de restrição. Estas cortam o DNA em locais específicos, produzindo um padrão de fragmentos reprodutível. Numa primeira abordagem, pretende-se averiguar se existe ou não sobreposição entre os pares de fragmentos oriundos da acção de duas enzimas diferentes. Este problema é equacionado segundo um teste de hipóteses numa perspectiva bayesiana. A informação a priori valorizada dá ênfase ao comprimento dos fragmentos e ao tamanho e à forma do cromossoma em estudo. Esta informação é combinada com dados de experiências de hibridação para calcular as probabilidades de sobreposição a posteriori. A exposição da teoria no caso circular é acompanhada por alguns exemplos práticos usando dados do mapeamento físico de estirpes de uma bactéria láctica, Oenococcus oeni, efectuado por Zé-Zé et al. (2000). A medição do comprimento dos fragmentos pode estar sujeita a erros laboratoriais. Assim, para avaliar o impacto desses erros no cálculo das probabilidades de sobreposição a priori e a posteriori efectuou-se um estudo de sensibilidade. As deduções teóricas efectuadas foram acompanhadas por estudos de simulação, quer da posição de pares de fragmentos ao longo do cromossoma, quer de mapas com todos os fragmentos de duas enzimas. Os resultados obtidos por simulação e as aplicações práticas com dados reais sugerem que a abordagem proposta pode auxiliar os biólogos na construção destes mapas. Palavras-chave: mapa físico; probabilidades de sobreposição; distribuições Triangular e Trapezoidal; análise de sensibilidade; simulação.